建立三类消化道肿瘤的模型集合
波兰科学院莫萨科夫斯基医学研究所（Mossakowski Medical Research Institute, Polish Academy of Sciences）等机构在 Molecular Oncology 报道一项患者肿瘤类器官研究。团队选择胰腺、结肠和胃肿瘤各 10 个模型，检查其组织特征、遗传改变与药物反应。
入选模型能够完成冻存复苏并继续培养。组织染色与相应肿瘤标志物用于检查模型特征；全外显子组分析覆盖类器官和成纤维细胞，原手术组织余量不足，未开展相同的原组织测序对照。
团队还建立肿瘤相关成纤维细胞（cancer-associated fibroblasts，CAF）培养。因建立效率低于类器官，各癌种最终选择 1 条稳定 CAF 系用于对应癌种的共培养，检查 α-SMA、FAP 等特征。
药物效应随组合和共培养条件变化
单独类器官与 CAF 共培养分别测试相应常规化疗和实验组合。接种约 48 小时后加药，处理 72 小时，以 ATP 法检测相对存活；各条件设技术重复。
实验组合卡非佐米、VER-155008 与奈非那韦在三类模型中较为有效，部分比较优于对应常规组合。各癌种及各治疗方案的药物反应分别比较。
加入 CAF 后，部分化疗及实验组合的杀伤减弱，变化取决于癌种和方案。直接共培养时，两类细胞处于同一培养环境；Transwell 条件将细胞分开，用于检查可溶性信号的作用。
在所测条件中，间接共培养与直接共培养的影响接近。团队因此把细胞间可溶性信号作为继续研究的方向，同时保留不同方案下变化幅度的差别。
直接共培养中，CAF 常在底面形成细胞层，类器官在其上重新聚集；胃模型中还观察到 CAF 围绕类器官的形态。研究在单培养和共培养之间配对比较，避免只用不同患者的平均值描述 CAF 影响。
19 位患者：比较体外药敏与治疗结果
30 个模型的供体中，19 位有可用治疗结果资料。作者按治疗后影像，将发生进展的患者列为 PD，其余未达到进展标准的患者归为本次分析的 SD；后一组包括缩小、消失或无显著增大的情况。
单独培养时，类器官药敏未能显著区分 SD 和 PD。加入 CAF 后，胰腺和胃肿瘤的组间差别达到统计显著性，结肠模型没有相同结果；合并三类肿瘤后，共培养药敏也可显著区分两组。
各癌种患者数较少，图中还按具体治疗比较计数。研究因此分别保留患者人数与治疗比较数，后续需要扩大样本以检查各癌种的表现。
24 小时成像追踪类器官重新组装
第二条研究路径是 Organoid Convolution Assay（OCA）。团队把类器官分散后，记录细胞迁移、聚集和重新形成结构的前 24 小时，观察的是未加测试药物时的组装过程。
明场多层图像经 ImageJ 和 TrackMate 处理，得到细胞与重新组装结构的面积变化、运动、单细胞数量及邻近距离等参数，再以数学拟合汇总为两个综合估计量。
OCA 将 16 个患者样本按较低与较高 T 阶段分层，并在有治疗结果的 11 个样本中比较 SD 和 PD。两组分析的多变量方差检验 P 值分别约为 0.002 和 0.042，分类边界由这批样本的逻辑回归拟合得到。
面积参数记录组装前后对象的相对变化，邻近距离参数描述细胞趋于聚集还是分散，运动参数则结合速度与最初位置关系。这些指标共同构成估计量，单个运动速度没有单独替代整个分层模型。
CAF 对药敏与组装分层的影响不同
团队还在 6 个模型中比较有无 CAF 对 OCA 的影响。细胞先在间接共培养中接触 CAF 分泌信号约 1 周，再开展组装观察，避免直接共培养妨碍轨迹分析。
6 个模型的未加 CAF 条件，逻辑回归 P 值约为 0.016，多变量检验约为 0.243；加入 CAF 后分别约为 0.157 和 0.370。这组比较与前面 11 个有结局样本的整体 OCA 分层保持独立。
在这个 6 模型子组中，加入 CAF 没有改善治疗结果分层。未加 CAF 时，逻辑回归检验达到显著性，但多变量检验未达到显著性；两类统计结果分别报告。
药敏实验测量药物处理后的细胞存活，OCA 则观察未加药时的组织重新组装。当前分层模型在本次样本中拟合，作者计划改进图像分割和轨迹识别软件，以提高组装分析的准确性。