治疗后的存活与耐药要按时间解释
日本广岛大学（Hiroshima University）和国立癌症研究中心（National Cancer Center）团队在 2022 年的 Frontiers in Molecular Biosciences 综述中，按化疗时间讨论类器官的耐药研究。作者将亲代细胞、药后残存、停药后复发和持续耐药分开，避免同一个名称覆盖不同实验对象。
治疗初期仍存活的细胞，常被称为药物耐受持留细胞（drug-tolerant persisters，DTPs）。它们可能暂时减慢增殖，停药后重新生长；长期暴露后仍能在药物中增殖的获得性耐药，则属于后续阶段。检测时间不同，存活结果的含义也不同。
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残存细胞的来源与干样特征尚不统一
综述列出的研究对残存来源并不一致：部分资料支持治疗前已有易残存的亚群，另一些类器官研究则未发现预先存在的稀有耐药克隆。有研究观察到残存细胞具有干样特征，也有研究在残存状态发现 LGR5 阳性干样群体减少。
多数早期残存细胞增殖较慢，但也有研究识别出仍可快速增殖的少数残存细胞。作者因此主张，治疗时程、增殖表现及再生长能力需要一起观察。
治疗前后材料能保留临床变化，也会遗漏过程
比较治疗前后取材及相应类器官，可以直接观察临床治疗后留下的细胞。综述举例，结直肠癌腹膜转移来源类器官比原发灶模型更耐奥沙利铂，并将这一差别与谷氨酸-半胱氨酸连接酶联系起来。
这类设计的优点是保留真实治疗背景，但 2 次取材之间的细胞变化和可塑性不容易被完整观察。因此，它与在同一模型中连续观察药物暴露、停药和再次生长，回答的不是完全相同的问题。
早期残存有时伴随化疗杀伤减弱
在所引类器官研究中，5-氟尿嘧啶处理后，修复相关干样细胞标志 clusterin 富集，并与该药耐受程度相关。另一些残存类器官的转录变化，也与患者新辅助化疗前后资料具有一致方向。
另有研究观察到，降低 MYC 或其转录协同因子 BRD4 的活动，可使细胞适应类似胚胎滞育的休眠状态，从而减弱抗癌药的细胞毒作用。看到增殖降低，未必意味着与化疗联用时杀伤更强。
长期耐药研究比较的是后续增殖能力
综述将长期耐药模型单独列出。胃癌类器官的 5-氟尿嘧啶耐药与核糖核酸（ribonucleic acid，RNA）结合相关蛋白 KHDRBS3 联系起来；奥沙利铂耐药研究则涉及 SLFN11 或 myoferlin 表达调节。这些模型关注细胞在药物存在下持续增殖的能力。
这些分子来自不同癌种、药物和观察时程下的研究，各自对应具体耐药背景。作者提出，先确定研究处于治疗初期、停药再生长还是长期耐药阶段，再解释相应分子与功能结果。
微环境变化也会改变同一肿瘤的药敏
类器官共培养研究中，成纤维细胞分泌的神经调节蛋白 1 与前列腺癌抗雄激素耐药有关；胰腺癌模型的细胞状态随微环境变化时，药物敏感性也可明显改变。它们把周围成分与肿瘤自身状态共同纳入比较。
培养液中的表皮生长因子、N-乙酰半胱氨酸等也可能改变奥沙利铂反应。这些成分在模型中属于培养液成分，比较药敏时需要同时记录这些可能影响结果的条件。
5-氟尿嘧啶与奥沙利铂的临床对应并不统一
综述对比 2 项转移性结直肠癌研究：一项报告类器官对 5-氟尿嘧啶与奥沙利铂联用的反应，与患者肿瘤及标志物变化一致；另一项则发现伊立替康相关结果较一致，而 5-氟尿嘧啶与奥沙利铂组合没有同样对应。
这 2 项研究所用基质和培养配方不同，作者将其列为可能原因。2 项研究同时存在多项条件差异、样本量有限，配方本身的作用尚待单独检验。临床对应需要同时看治疗方案、模型状态、环境和评价时间。