先把类器官形态与转录特征对应
东京大学等机构的研究者重分析既有结直肠癌类器官库，比较紧密腺体样形态与囊性、黏液样形态是否对应不同的 MDM2 启动子使用。首版预印本于 9 月 26 日公开，9 月 29 日更新，目前尚未经过同行评议。
MDM2 的 P1、P2 启动子产生不同起始位置的转录本。论文比较启动子使用及其相关基因表达特征，分析它们与类器官形态和药物反应的关系。
63 份样本来自 22 位患者
发现队列包括 22 位患者的 63 份样本，包含原发灶与转移灶。研究用 VGG16 图像分类和外显子层面的转录分析，比较各样本的形态组成与 P1、P2 使用。
图像分类在 65 张留出图像中正确判断 64 张，准确率为 98.5%。这一结果评价图像形态分类。训练与测试按图像划分，患者层面的泛化表现仍待检验。
P1 优势组的紧密腺体样形态比例较高，中位数为 0.826，P2 优势组为 0.444。样本层面差异显著，但考虑同一患者提供多份样本后，方向相同而未达到显著性。
独立类器官资料主要支持 TP53 相关的药敏差别
研究另重分析其他机构公开的 65 株结直肠癌类器官药敏资料，其中 17 株为 TP53 野生型，48 株为突变型。野生型对 MDM2 抑制剂 nutlin-3 更敏感，这与该药物作用依赖 p53 通路的已知关系一致。
P2 表达评分与 nutlin-3 敏感性也存在关联，但进一步校正 TP53 状态后，多重检验校正值为 0.056，未低于常用的 0.05 阈值。因此，这组类器官资料尚不能证明 P2 评分提供了独立于 TP53 状态的预测信息。
实测药敏与患者药敏预测分开解释
作者还用细胞系药物基因组资料预测公共患者队列的药敏，并检查实际细胞系药敏与 P1、P2 评分的关系。nutlin-3a 在若干排序中靠前；细胞系中校正 TP53 后的关联仍在，但效应较小。
患者队列中的药敏来自计算外推，不是给这些患者实际测过所有药物。P1 评分与部分复制应激检查点抑制剂反应的关联同样属于探索结果，其临床用途仍需专门验证。
候选分层信号需要独立、前瞻的检验
本研究把类器官形态、基因表达特征和人源模型药敏结合分析，为检验候选标志物提供了线索。尚待回答的问题是：启动子使用是否具有因果作用，以及它能否在既有突变信息之外改善药物反应预测。
发现队列较小且样本并非彼此独立，原发灶与转移灶混合也可能影响结果。研究没有通过切换启动子使用完成细胞功能验证；当前仍处于候选药敏标志物探索阶段。