组织分型需要与真实药物反应相联系
肝细胞癌的蛋白表达与磷酸化状态可能影响治疗反应，但分型能否帮助选药，还需要药物实验检验。福建医科大学孟超肝胆医院与浙江大学团队在 Cell Reports Medicine 将组织多组学分析和患者来源细胞药敏相结合，重点检查索拉非尼。
研究最初收集 160 对肝癌和邻近组织。蛋白组质控后保留 152 对，另有 132 例磷酸化蛋白组、58 例全外显子组和 57 例转录组资料。不同组学的样本覆盖并不相同，后续分析各有自己的分母。
3 种蛋白组亚型具有不同生物学特征
团队在质控后的组织中鉴定出 6,512 种蛋白，再以非监督聚类划分 SI、SII 和 SIII，分别包含 49、47 和 56 例。SI 以代谢相关通路为突出特征；SII 处于过渡状态，细胞生长和免疫相关信号增加；SIII 更偏向增殖、免疫与转移相关特征。
3 个亚型的总体及无复发生存存在差异。研究还重新分析既有的 2 个手术组织队列和 1 个活检队列，检查分型能否复现；不同队列间的分类总体相近，但处于过渡状态的 SII 更容易与其他亚型混分。
为减少需要测量的蛋白，团队另建 9 蛋白简化分型面板（simplified panel，SP9），以 253 例资料训练、159 例独立资料验证。9 种蛋白涉及脂肪酸、氨基酸、糖代谢和胆汁分泌。它与原始分型的一致率为 84.3%。验证中，区分 SIII 的受试者工作特征曲线下面积（area under the receiver operating characteristic curve，AUC）为 0.988，区分过渡型 SII 为 0.881，说明不同亚型的识别难度也不同。这部分验证针对组织分类，索拉非尼药敏则由另一组细胞实验检验。
蛋白丰度、激酶活性与药物映射提供不同线索
接下来，研究将蛋白及磷酸化资料与药物数据库对应，寻找各亚型可能相关的治疗方向。这个步骤包含药理靶点，也包含影响药物作用的酶或转运相关蛋白，主要用于提出候选，仍需对应的药物实验检验。
蛋白多并不必然代表对应激酶更活跃。例如，SIII 中 RAF1 蛋白较多，但基于底物磷酸化推算的活性变化并不完全同向。研究因此结合激酶丰度、底物变化和通路关系，提出与索拉非尼等药物有关的进一步检验方向。
这里的激酶活性来自计算推算，相关通路的联合用药建议也仍是假设。本研究后续进行的患者来源细胞药物实验，集中在索拉非尼。
26 个患者来源细胞模型显示药敏存在异质性
团队从 26 份手术肿瘤建立患者来源细胞（patient-derived cells，PDC）模型，并用蛋白组将其分到相应亚型。细胞在孔板中接受不同浓度索拉非尼处理，4 天后用细胞计数试剂盒 8（Cell Counting Kit-8，CCK-8）检测代谢活性，以溶剂对照归一化后拟合剂量反应曲线。
研究用剂量反应曲线下面积汇总各模型的药物敏感性。各亚型内部都有较宽的反应分布；总体而言，SII 和 SIII 比 SI 更敏感，SI 多表现为相对耐受。SIII 中达到半数抑制的模型比例也高于 SI。
部分亚型差异在 32 μM 条件下较明显。原文结果还涉及更高浓度，药物方法节却将浓度范围写为 0.25 nM 至 32 μM，两处记载并不完全一致。
19 蛋白药敏预测模型只在 10 个模型中测试
研究又将 26 个 PDC 随机分成 16 个训练模型和 10 个测试模型。团队先在训练资料中筛选与药敏有关的蛋白，再以 19 项蛋白特征建立弹性网络模型，预测索拉非尼剂量反应曲线下面积。
在 10 个测试模型中，预测值与实测值相关，原文报告相关系数平方为 0.753，p=0.0011。这一相关性反映小规模细胞测试集中的连续药敏预测，验证终点尚未涉及患者临床应答。
与索拉非尼耐受相关的模型偏向代谢通路活跃，而敏感模型偏向细胞周期和信使 RNA 监控相关通路。研究将这种对应视为与组织亚型特征相呼应的线索，仍需进一步实验确定哪些蛋白或通路真正驱动药物差异。
组织分类和药敏预测都需扩大前瞻验证
本研究的三亚型分类经过多个既有队列比较，药敏预测却只有 16 个训练和 10 个测试模型，两类证据的成熟程度不同。尤其是 19 项特征构成的药敏模型，需要更大、独立的训练与验证资料检查稳定性。
作者也明确提出，SII、SIII 患者可能更受益于索拉非尼仍是待检验假设，需要临床试验。现有数据支持把蛋白组分型与实际细胞药敏结合开展研究，尚未建立按亚型直接决定患者用药的临床规则。