患者单细胞资料与类器官候选比较的概念流程,计算评分范围和体外模型数量分别解释。
患者单细胞资料与类器官候选比较的概念流程,计算评分范围和体外模型数量分别解释。(NAMs China)

治疗有反应,肿瘤里仍可有不敏感细胞

伊利诺伊大学芝加哥分校(University of Illinois Chicago)等机构的研究者重新分析 FELINE 临床试验中的单细胞 RNA 测序数据。9 份雌激素受体阳性乳腺肿瘤分别具有来曲唑治疗前和治疗 14 天后的样本,其中 5 份临床反应较好,4 份反应较差。

研究按治疗后的细胞群丰度变化区分敏感与不敏感群体:显著减少的归为敏感,富集或未变的归为不敏感。两类临床反应的肿瘤里都能找到不敏感细胞,受体表达和相关通路活性也未能稳定区分两类细胞群。不同患者的不敏感群体在转录特征上差别更大。

4 个移植瘤来源类器官用于功能比较

团队使用 HCI003、HCI017、UIC013 和 UIC020 共 4 个类器官模型,它们均经患者来源移植瘤阶段建立。对新建模型的组织、移植瘤和类器官进行空间或单细胞转录比较后,作者观察到主要上皮亚群得到保留,但其比例有所变化。

不同模型仍保有部分内分泌反应。药物处理后的类器官面积和细胞增殖检测共同显示,整体生长减少并不表示每个细胞亚群都被清除。移植过程中免疫相关信号减少,也限制了这些模型对完整肿瘤环境的代表性。

计算排序后,分别检验特有与共有细胞群

候选分析采用 DREEP(Drug Estimation from single-cell Expression Profiles),利用已有癌细胞药物基因组数据,为每个不敏感细胞群计算 450 种药物的敏感性评分。这 450 项是计算分析范围,并非全部已经在类器官里实测。

以 UIC013 特有的细胞群为例,后续剂量反应实验显示,达沙替尼和 pluripotin 对 UIC013 的生长抑制强于其余模型。vandetanib 的模型间差别较有限,saracatinib 只有较弱差异。对于多个模型共有的细胞群,AZD8055 的体外反应相近,支持继续检验对共有增殖相关特征进行干预的候选方案。

临床数据与体外结果各自回答不同问题

这项工作把患者肿瘤中的细胞状态与可开展药物比较的模型对应起来,提供了从转录线索缩小候选范围、再做功能检验的路径。药物评分与通路活性的对应并非对所有化合物都一致,少量模型也不能覆盖全部患者差异。

FELINE 数据中的候选分析和既有队列中的预后关联,属于计算或回顾性证据。类器官中观察到的生长反应,仍需在更广的模型和临床研究中检验。

来源与延伸阅读

  1. Integrative pipeline to profile and target endocrine therapy-insensitive cell populations in ER+ breast cancer. bioRxiv. 2026-09-16. doi:10.64898/2026.09.10.750719. ↗