先确认临床标志物能否在类器官中检测
加州大学旧金山分校（University of California, San Francisco）等机构在 Cell Reports Medicine 报道一种标志物指导的乳腺癌类器官研究流程。团队希望把临床治疗反应相关的基因表达信息用于选择体外模型，再寻找对低敏感模型有效的药物。
研究先分析 HUB 既有的 26 个乳腺癌类器官转录组，覆盖不同激素受体和 HER2 状态，并与 TCGA 肿瘤资料整合。多数生物学特征可以在类器官中检测，但部分免疫相关信号较弱，激素受体阳性模型也受到培养条件影响。
在临床已评估的 23 组表达标志物中，团队挑出类器官中可检测、可用于预测建模的 9 组，作为后续分析的输入。
HUB 分析对约 100 组通路表达特征作检查，其中约 75% 在模型间可变。可测特征要求在相应组织参照的第 10 百分位以上表达，并覆盖至少 10% 的模型；筛选步骤为后续模型建立限定输入范围。
用临床数据建立预测模型，再开展体外试验
预测模型使用 I-SPY2 的 986 位患者、987 份样本，终点为术后病理完全缓解。团队按受体亚型和治疗组建立多变量逻辑回归模型，其中维利帕尼加卡铂的三阴性亚组模型用于后续类器官验证。
该模型最终使用 PARPi7 和 LYMPHS_PCA 两组表达特征，临床数据中的 ROC 曲线下面积为 0.912。这个数值反映本次临床模型分析，类器官实验则另行比较预测排序与实际体外反应。
团队新建 14 个三阴性乳腺癌类器官，与原 26 个模型资料合计覆盖 40 个培养模型。新模型经过病理和分子检查，剔除正常细胞占优、不能确认肿瘤来源的培养物，并比较传代前后的标志物状态。
临床治疗中的铂类为卡铂，体外实验选用化学稳定性和效力更适合该设置的顺铂。研究因此分别报告临床的维利帕尼—卡铂模型，以及类器官的维利帕尼—顺铂试验。
用存活、死亡和生长三类指标检查预测
14 个新模型先按预测分数排序，随后对可开展实验的培养物测试固定剂量组合。快速反应检测实际覆盖 7 条类器官系，使用 10 μM 顺铂与 20 μM 维利帕尼，处理 72–120 小时，时间根据各模型生长速度确定。
活细胞明场成像记录生长和面积，CellTox 记录细胞死亡，进一步实验用 ATP 法检查存活。4 个代表模型的反应总体与预测排序一致，但中间组仍呈现不同程度的体外反应。
4 个代表模型中，预测低敏感的 TORG40 和中间组的 TORG58 对顺铂单药及组合都较不敏感；预测敏感的 TORG146 对顺铂反应较强，TORG139 则呈中间程度。团队据此比较表达特征预测与实际药敏是否一致。
在一个低敏感模型中筛查 386 种小分子
团队选择生长稳定、对组合低敏感的 TORG40，在有无 5 μM 顺铂的条件下筛查 386 种小分子。药物设置浓度梯度，处理 3 天后检测 ATP，按两种条件的剂量反应曲线面积差别筛选联合候选。
初筛中有 20 种药物加入顺铂后，剂量反应曲线面积下降至少 40%。团队再结合效力和作用机制选出 8 种复测，涉及 HDAC、Bcl-2 家族、DNA 合成、IAP 和 Aurora 激酶等靶点或过程。
8 种候选在至少一个测试浓度下与顺铂呈现更强的细胞死亡。随后，Bcl-2/Bcl-xL 抑制剂 ABT-263 在 TORG40、TORG58 和 TORG139 中进行正式浓度矩阵比较，Bliss 平均协同分数约为 11.02–31.57。
筛查归一化使用各自溶剂参照；含顺铂条件另以固定顺铂参照归一化，控制基础杀伤的影响。联合候选再通过明场形态、死亡成像和 ATP 多种测量确认。
HSP90 药敏结果促使团队回查临床亚组
单药筛查中，HSP90 抑制剂也表现突出，ganetespib 在另外两个相关亚型模型中得到复测。团队据此回查 I-SPY2 中 HER2 阴性、免疫及 DNA 修复缺陷特征均较低的亚组。
该亚组有 38 位患者接受含 ganetespib 方案、186 位接受标准参照；病理完全缓解比例为 13% 和 9%，差异没有统计学显著性。远处复发无事件生存分析则出现较好结果，属于延长随访后的探索性亚组发现。
团队根据临床标志物选择类器官，完成药物试验后，再回查相应临床亚组。作者提出在独立队列中验证这些发现，并加入免疫和基质成分，检验表达特征与联合候选药物在更完整模型中的作用。
生存分析有 37 位 ganetespib 组及 185 位参照组患者的随访资料可用，中位随访约 5.4 年，数据收集截至 2025 年 9 月。