用四组表达资料拆分单药和合用作用
两个药物合用后，基因表达可能延续其中一种药物的作用，也可能只有合用时才明显改变。发表于 CPT: Pharmacometrics & Systems Pharmacology 的研究，用他汀与依折麦布的转录组数据，建立一种便于解释这些反应的布尔分类框架。
第一套资料来自 SOAT2-only-HepG2 肝细胞样模型，比较溶剂、阿托伐他汀、依折麦布及两药合用，每种条件有 6 个重复，共 24 份样本。第二套来自 Stockholm Study 的 27 份患者肝活检样本，比较辛伐他汀、依折麦布、合用与安慰剂。
布尔逻辑是表达模板，并非把原始测量改成开关
两种药物有或无，形成四种处理条件。研究者从两变量布尔函数中构造理想化表达模板；排除始终不变的两种模式后，保留 14 种，用于描述各类单药和组合反应。
每个基因在四种条件间共有 6 个成对比较。算法将实际表达差异与模板比较，把基因归到匹配程度最高的模式。原始表达变化仍参与评分，并非先把所有基因表达硬切成“开”或“关”；布尔函数在这里用作反应模式的分类模板。
窄屏可横向滑动查看完整图表。
细胞资料中可见单药主导与组合特有模式
细胞数据中有 1,560 个基因在至少一种处理条件下发生显著变化。较常见的模式包括：阿托伐他汀独立上调，以及两药合用后下调，对应 426 和 369 个基因。另一些模式则反映依折麦布独立作用，或任一种药物均可引起的变化。
分类中也包含单药引起变化、合用后不再变化的模式。本研究中，单药上调而合用不再上调的模式没有匹配到基因；单药下调而合用不再下调的模式仅有 8 个基因。
患者资料提供另一种生物背景的比较
肝活检数据中有 565 个差异表达基因，整体异质性高于细胞模型。一些主要模式的分布相近，但同一模式下的具体基因通常重叠很少。只有“他汀独立上调”这一模式出现显著重叠，包含 13 个共有基因，主要涉及胆固醇调节。
两套资料使用不同他汀，样本组成与实验条件也不同。细胞组的阿托伐他汀和患者组的辛伐他汀，不能当作完全一致的输入。因此，模式之间的差别不能只归因于细胞模型或患者差异中的某一个因素。
把表达模式继续对应到通路和网络
团队进一步将各模式的基因对应到人蛋白相互作用网络，再进行功能和疾病关联分析。阿托伐他汀独立上调模式富集胆固醇合成及脂质代谢相关通路，HMGCR、LDLR 等变化与细胞对胆固醇减少的补偿反应相符。
其他模式提示细胞周期与肿瘤相关网络等候选机制。这些由表达和网络分析得到的机制假设，还需要后续实验检验。
分类结果适用于本次暴露和测量条件
作者强调，这套框架不模拟药物作用的生化动力学，也不直接刻画剂量反应。它将当前暴露条件下的表达反应分门别类；浓度、处理时间或细胞背景改变，都可能使同一基因被分入另一模式。
本研究的增量是为组合药物转录组提供可解释的组织方式，并比较人源细胞与患者组织中的反应。若要进一步研究组合随时间和剂量怎样变化，仍需相应的时间序列和浓度反应数据。