先为不同细胞系确定可用的三维条件
同样是肿瘤球状体，不同细胞系的聚集、紧密程度和生长速度可能差别很大。俄罗斯研究团队发表于 ACS Omega 的研究，从 4 种乳腺癌、3 种卵巢癌和 2 种胃癌细胞系出发，先分别优化模型，再比较参考抗癌药与候选抑制剂的活性。
模型包括 BT-20、HCC70、MDA-MB-453、T47D，卵巢癌 TOV21G、OVCAR-3、A2780，以及胃癌 SNU-1、HGC-27。多数细胞系不加聚集辅助物即可形成球状体，TOV21G 则需要不同处理。形成后的结构也不同，有的紧密圆整，有的较松散或形状不规则。
这些模型均来自既有肿瘤细胞系，各自独立培养，没有重建患者肿瘤中的基质、免疫细胞或血管。研究选择这种较简单的形式，是为了适配常规多孔板中的比较筛选；因此，观察到的差异首先属于这些细胞系和实验条件。
测量时间与活性读数随模型调整
团队根据聚集和生长情况确定给药起点，并将三维给药观察期设为 14 或 21 天。部分生长较快的模型在更长培养中出现培养液酸化和质量下降，因此缩短观察期。各细胞系按预先优化的观察时长评价药物反应。
活性检测使用 AlamarBlue 或 PrestoBlue，处理组相对于相同条件的未处理组归一化。研究以浓度—反应曲线拟合 IC50；不能可靠得到精确值时，则保留范围或未确定状态，并用综合活性指标补充描述测试浓度区间内的整体反应。
综合活性指标用于浓度—反应曲线的上、下平台不清楚、精确 IC50 难以确定的情况。它概括测试区间内活性降低的程度，数值越高表示整体降低越明显，但不能替代已经缺少可靠拟合条件的精确浓度。研究仍将 IC50 作为主要比较指标，二者承担的任务不同。
三维培养并没有统一提高或降低敏感性
研究先比较紫杉醇、阿糖胞苷、5-氟尿嘧啶、奥沙利铂、依托泊苷和尼拉帕利，寻找能确认体系出现生长抑制的参考药。紫杉醇在这些球状体中表现较稳定，因此被用于后续实验的体系表现对照。
其中 5 种细胞系还做了二维比较。OVCAR-3、T47D、MDA-MB-453 的部分药物在三维条件下表现出较高敏感性，SNU-1 则总体较低，A2780 的方向随药物而变。不过，二维给药为 72 小时，三维为 14 或 21 天；较长暴露本身就可能增强部分药物的可见效应，不能把差别全部归因于空间结构。
候选物筛选得到的是表型活性结果
团队随后用同一套三维评价思路比较内部开发的 CDK7 抑制剂候选物。多种候选物降低了球状体活性，iCDK7_1 在测试模型中呈现较一致的作用。不同细胞系的反应仍有差别，部分浓度曲线只能提供范围判断，未能得到可靠的精确 IC50。
这项实验测量的是长时间处理后的代谢相关活性，尚未直接确认每个模型中的靶点结合或 CDK7 下游变化。这些表型结果可用于安排后续候选筛选和机制核查。
候选物的球状体实验至少重复 2 次，每个浓度点含 3 个技术重复。结果相对于各模型同条件的未处理组归一化，使不同模型的比较仍以各自基线为参照。
长期给药也带来需要单独核对的条件
SNU-1 对尼拉帕利出现的特殊代谢信号趋势，可能涉及细胞状态或检测试剂可及性；这些解释尚未在本研究中直接检验。
这套平台的具体价值，是在保持相对简单的条件下，为不同细胞系建立可比较的球状体药筛。它保留了模型之间的反应差异，也说明三维培养的解释需要同时交代细胞系、暴露时长和读数；不能仅用二维或三维两个名称预测药物结果。
长期三维实验采用固定暴露设计，给药后不常规更换培养液。作者把它作为保持初筛流程简单的一项选择，同时承认化合物稳定性没有直接检测。这一设计可以用于候选物排序，却需要在解释持续作用时考虑真实浓度可能随时间变化。