模型需要与原组织核对到细胞和功能层面
英国与荷兰研究者在 2023 年发表于 Frontiers in Pharmacology 的综述中，提出人肺类器官的 3 组质量问题：模型与原组织有多接近，模型库能否代表目标患者，以及单个培养物是否保留患者内部差异。它们共同影响药物研究能从类器官结果中得到什么信息。
成人肺来源模型往往带有区域特征，多能干细胞来源体系则可用于研究发育阶段。气道与肺泡类器官的细胞组成也不同。作者指出，单独表达某个标志蛋白，不足以完整说明细胞成熟度；形态、空间位置、转录组和细胞器信息需要共同核对。
部分诱导多能干细胞（induced pluripotent stem cells，iPSCs）来源模型表现出未成熟细胞状态，某些肺泡模型长期培养后还可能偏离原先肺细胞身份。对于药物评价，同一“肺类器官”名称下的实际细胞类型和成熟状态需要分别说明。
肺癌基因相似度之外，还要比较模型表型
肺癌类器官与原肿瘤的基因一致性已有较多研究，但检测范围并不相同。只检查常见驱动变化时，更容易观察到在多数肿瘤细胞中共享的变异；能否保留少数亚克隆，还需要足够深入的比较。
转录和功能层面的差异则更难判断。培养模型通常缺少原有基质及免疫成分，这可能改变细胞状态与药物反应。作者主张更深入地比较类器官与原组织，并结合其他模型或数据检验具体结论。
模型库的建立过程可能改变患者代表性
患者之间的年龄、性别、疾病状态与细胞分化能力不同；仅用少量、容易培养的样本，可能不能反映目标人群。综述还指出，不同研究的取样、培养液和“建立成功”定义不同，肺癌类器官报告的建立率约为 15%–80%，难以据此直接比较哪种方法更好。
当时多数肺癌模型来自原发肿瘤手术材料，早期病变和晚期转移人群的覆盖并不相同。某些晚期患者恶性积液来源模型建立较成功，但仍需判断模型库是否保留原队列不同病理和基因背景。
综述举例说明了器官来源的重要性：一个覆盖 664 名囊性纤维化患者的类器官集合采用直肠组织，气道类器官的相应功能测量则有较大变异，并且依赖充分分化的模型。因此，患者数、取材器官和功能检测条件需要一并说明。
同一患者的取样位置与培养选择也会影响结果
正常肺沿近端到远端有不同细胞组成，慢性疾病还会改变局部环境。同一患者不同部位的细胞，进入培养后也可能保留不同反应。作者认为，记录具体取材位置，是改善可重复性的一项基础信息。
肿瘤内部同样存在遗传与表型差异。取样偏差、少数亚克隆的选择性扩增，以及持续的遗传不稳定性，都可能改变最终培养物。综述提出从不同肿瘤区域建立模型，并充分比较原肿瘤与培养物的亚克隆特征。
作者的建议集中在更深入的组织身份表征、更具多样性的样本库，以及培养条件的标准化。药物反应比较还要说明采用了哪些患者、哪些区域和哪种细胞组成，才能将生物差异与培养造成的差异分开考察。