先检查细胞系能否形成稳定的多层视网膜
视网膜类器官用于疾病与药物研究时，研究者需要知道它包含哪些细胞，以及这些细胞在什么阶段接近成人视网膜。来自瑞士、匈牙利和美国多家机构的团队在 Cell 发表研究，用单细胞转录组和功能检测比较人视网膜类器官与成人视网膜。
研究筛查 23 条诱导多能干细胞（induced pluripotent stem cells，iPSC）系，其中 8 条形成了维持超过 100 天的分层结构，4 条可辨认出 3 个核层和 2 个突触层。后续详细分析主要使用 F49B7 细胞系，部分实验在 IMR90.4 复核。
团队还采用琼脂糖微孔控制起始胚状体大小，并改进组织分离方式。组合方法在 3 次实验中，每个六孔板培养孔可生成约 3,700±680 个类器官。这项数量结果为扩大模型供给提供依据，能否形成合适的细胞组成仍需另外检查。
30–38 周的表达趋稳，继续培养出现部分损失
类器官测序覆盖 7 个时间点，总计获得 110,862 个细胞的转录信息。其中 F49B7 在 6–38 周的主要分析包含 62,136 个细胞，显示神经节细胞、光感受器前体、水平细胞、无长突细胞、双极细胞及 Müller 胶质细胞相继出现。
同批同龄类器官的表达分布较为接近，相邻年龄之间的差异随培养推进而减小，在 30–38 周达到最低附近。团队用 Jensen–Shannon 差异度量化分布差别：0 代表完全重合，1 代表不重合，30 周与 38 周之间为 0.093。作者据此把这一阶段称为已发育的类器官。基于人发育视网膜训练的年龄模型，也显示类器官的转录发育速度与人视网膜大体相近。
进一步培养到 46 周后，类器官并未持续增加成熟细胞的多样性。双极细胞、水平／无长突细胞及视锥比例下降，视杆比例增加；部分细胞标志表达也降低。神经节细胞本来在 12–18 周较多，到 24 周后已较少。
这些变化意味着，选择取样时间需要结合拟研究的细胞类型。以较晚培养时间代表更好的模型，可能漏掉特定细胞已经减少的情况；本研究为这种选择提供了细胞组成和表达两方面的信息。
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成人参照显示：类器官更接近周边视网膜
成人视网膜参照来自 4 位供者的 8 只眼，供者年龄为 50–80 岁。研究取得了周边、中央凹、色素上皮及脉络膜相关的 174,579 个单细胞转录信息；这些细胞数与供者人数分别计数。
以成人细胞训练的分类器显示，发育后类器官的表达和细胞组成更接近周边视网膜。按每类细胞的标志基因比较，大多数类型中可找到落入成人周边参照分布的类器官细胞，但整体分布并不完全相同。聚类分析在发育后的类器官中识别出 40 种转录类型，其中 32 种也见于成人视网膜；免疫、血管相关和脉络膜细胞未在这些类器官中检出。
部分成熟相关表达仍明显偏低。例如类器官视杆细胞的 RHO 平均表达约为成人周边视网膜对应细胞的 10%，色素上皮 RPE65 约为 2%。因此，细胞类型能够识别，与该类型的全部表达达到成人水平，需要分别判断。
参照材料自身也需要质量控制。研究对同一供者的 2 只眼进行时间比较，发现多类视网膜细胞的表达在死后数小时内改变。选择成人参照时，取材后的缺血和保存条件会影响类器官与组织之间的差距。
细胞身份参照帮助确定后续干预的观察对象
研究把视网膜疾病相关基因映射到具体细胞类型，发现多数疾病的细胞类型特异表达，在类器官与成人周边视网膜之间大体保留；但这些基因在类器官内开始或停止表达的时间不同。后续疾病或干预实验需要同时考虑细胞身份和培养阶段。
功能检查中，4 个类器官内接受检测的 233 个外层细胞有 16.7% 呈可重复光响应，234 个内层细胞中这一比例为 12.0%。阻断谷氨酸能突触传递后，内层细胞的响应降至背景水平，外层响应仍保留，支持内层反应来自光感受器输入。这些功能结果与转录图谱互相补充。
作者提出，较大批量且有可重复细胞特征的类器官，可用于筛查不同分子对特定细胞的影响。本研究首先建立的是模型与参照体系，其药物研究价值在于帮助选定需要被模型保留的细胞和特征。