19 个成功培养物中,5 个以正常上皮为主
UPMC Hillman 癌症中心及匹兹堡大学团队从人乳头瘤病毒(HPV)阴性的头颈鳞状细胞癌手术材料建立患者来源类器官(PDO)。排除 1 份坏死材料后,23 名患者的组织具有足够活细胞,19 例形成可持续培养物;其中 14 例主要为肿瘤类器官,5 例被正常上皮细胞占据。
培养物来自口腔、喉等部位,涵盖原发、复发及第二原发肿瘤。团队以病理、鳞状上皮标志和测序检查身份,并在部分早期培养物中用 Nutlin-3 抑制野生型 p53 正常上皮的扩增。作者指出,这种选择也可能改变原组织中的细胞组成。
分类模型分别在同一切片、后续传代和不同患者材料中验证
TransferNet-PDO 使用 Hover-Net 与 ResNet50 骨干网络,从苏木精—伊红染色图像中的细胞核特征判断身份。训练材料包括 88 个图块中的 1490 个肿瘤细胞核及 78 个图块中的 1545 个正常细胞核;每个图块为 256×256 像素。类器官层面采用细胞多数投票。
3 类验证集合分别为同一整张切片上未参与训练的区域、同一患者后续传代的切片,以及完全不同患者的切片,包含 34859、25625、19570 个细胞。细胞分类的受试者工作特征曲线下面积(ROC-AUC)分别为 0.94、0.81、0.78;经多数投票后的类器官分类 AUC 分别为 1.00、0.90、0.88。不同患者的分类表现低于同图区域。

窄屏可横向滑动查看完整图表。
6 个配对病例保留主要变异,也出现亚克隆变化
全外显子分析重点选择了 6 个未经 Nutlin-3 筛选的病例,比较原肿瘤与连续传代培养物。TP53、CDKN2A 等主要驱动变异和多项拷贝数改变得以保留,p53 蛋白染色也与相应变异状态相符。部分低丰度亚克隆在后续传代仍可检出。
HN24-10900 在抗真菌处理后丢失了 1 个小亚克隆;HN24-10936 则长期混有正常上皮,并出现 PIK3CA/NOTCH1 相关亚克隆。作者主要评价约 3 个月、12 代以内的基因组稳定性。
顺铂和放疗联用的增益取决于剂量与模型
顺铂使肿瘤类器官活性随剂量下降,主文报告的半数抑制浓度(IC50)为 1.61–15.69 µM。西妥昔单抗和仑伐替尼在多数所测剂量下作用较弱。4 个模型的仑伐替尼处理转录分析显示增殖和代谢相关基因集下降、干扰素反应相关基因集上升,这些属于上皮培养物的表达变化。
在 HN24-10810 中,低剂量顺铂或西妥昔单抗联用照射后,随照射剂量增加的活性下降更明显;高剂量顺铂组没有出现同样增益。在 HN24-10909 中,顺铂与照射也有叠加作用,但高剂量西妥昔单抗组未见同样的照射剂量效应。每组设置 4 个复孔,联用检测的模型数为 2。
HN24-10909 患者术后接受辅助放化疗,但研究无法把放化疗获益与手术结果分离。当前模型以肿瘤上皮为主,尚需纳入更大队列、分次照射及免疫和基质组分,进一步评价临床转化范围。
来源与延伸阅读
- Integrating artificial intelligence-driven digital pathology and genomics to establish patient-derived organoids as new approach methodologies for drug response in head and neck cancer. Oral Oncology (2025). ↗
- Integrating Artificial Intelligence-Driven Digital Pathology and Genomics to Establish Patient-Derived Organoids as a Novel Alternative Model for Drug Response in Head and Neck Cancer. bioRxiv (2025). ↗