
20 个预选基因,从二维模型转向类器官
土耳其研究者在 Biology 检验,二维癌模型中学到的基因依赖关系,能否用于患者来源类器官。研究采用仅含基因表达信息的 Elastic Net 模型,围绕 20 个预先选定的基因预测依赖程度。
开发阶段使用 681 个模型进行按患者分组的嵌套交叉验证,并保留 171 个模型作锁定测试。但历史靶点选择曾使用全部 852 个模型,因此这部分测试被作者视为有条件的内部确认,其独立性受到这一选择过程的限制。
冻结预测后,进行两组类器官评价
用全部二维模型重新拟合后,研究者冻结预测模型,先在 94 个 Broad 类器官中探索,再在来自 144 名供者的 148 个 Sanger 类器官中进行盲法验证。Sanger 结局开放前,预测已封存。
按每个基因对类器官排序计算的 Spearman 相关系数,内部锁定测试、Broad 和 Sanger 队列的平均值分别为 0.4094、0.1518 和 0.1015。将二维体系训练的模型用于类器官后,预测排序与实测依赖程度的关联明显减弱。
超过随机参照,但额外价值仍有限
Sanger 结果超过同一肿瘤谱系内的置换参照。不过,与仅根据肿瘤谱系预测相比,相关性的增益为 0.0462,95% 置信区间为 −0.0065–0.0986,尚不能确定额外改善。CDK6、MDM4 和 CCNE1 在该队列通过多重比较校正。
回顾性分析还比较单个类器官内的基因排序,在两个队列都获得有限改善;前 3 位基因的重合改善只见于 Sanger。作者将结论限定在所选基因面板内有限的预测迁移能力,胰腺数据则仍是未验证预测,尚未建立前瞻性实验或治疗用途。