实验室工作台上的显微镜。
实验室工作台上的显微镜。(R G from siehe oben, Bayern / Wikimedia Commons;CC BY 2.0)

从同一孔的处理前后钙信号提取特征

雪城大学(Syracuse University)等团队将人诱导多能干细胞(induced pluripotent stem cells,iPSC)来源心肌细胞培养在 384 孔板中,比较维拉帕米、异丙肾上腺素和西沙必利的反应。

每孔起始加入 1 万个细胞,第 4 天记录基础钙信号。各药物采用 1 nM 至 10 μM 的 5 个浓度,处理 30 分钟后再次记录,每浓度设 7 个重复孔。

每次记录持续 100 秒、间隔 0.125 秒,共 800 个采样点。研究先提取峰频率、峰幅、峰宽和上升或衰减时间等 7 个波形指标,再用相空间重构计算嵌入维度与分形维度。

非线性特征描述节律与波形的不规则变化

嵌入维度主要描述节律规律性变化,分形维度对波形中的细小不规则变化更敏感。在较高浓度维拉帕米处理中,部分明显变化由非线性参数识别,传统波形参数未表现出相同敏感度。

团队把各指标的浓度反应曲线与随机数据划分相结合,设置 3 项分类任务:区分处理前后、区分高于或低于本文功能响应阈值的暴露,以及判断受测的 3 种药物。

增加特征对不同分类器的作用并不一致

数据随机分为约三分之二训练集、三分之一测试集。支持向量机、随机森林和人工神经网络对处理前后的分类准确率均超过 92%;加入非线性特征主要改善前者及神经网络,随机森林没有同样增益。

药物分类中,神经网络准确率由 71.4% 升至 80%,支持向量机由 54.3% 升至 65.7%,随机森林约为 62.9%,增加特征未改善其药物分类。

在本文按功能浓度反应划定的阈值分类任务中,加入非线性特征后 3 个模型均达到 100% 测试准确率。研究另用降维图展示数据分布,帮助观察哪些暴露条件更容易分开。

需要在更多供者和药物中检验分类表现

本次使用一个男性供者的商品化心肌细胞,主要测量自发搏动中的钙信号,没有外部电刺激。明场收缩视频的噪声较大,未用于最终机器学习。

研究以同一数据集的随机划分评价分类性能。作者将本项工作定位为概念验证,下一步计划扩大药物和供者范围,检验对未知药物的分类能力。

来源与延伸阅读

  1. Integrating nonlinear analysis and machine learning for human induced pluripotent stem cell-based drug cardiotoxicity testing. Journal of Tissue Engineering and Regenerative Medicine. 2022. doi:10.1002/term.3325 ↗