分别检测正义与反义重复 RNA
C9orf72 重复扩增的正义链与反义链转录，分别产生 G4C2 与 G2C4 重复 RNA。2023 年，Acta Neuropathologica 的一项研究把两类 RNA 分开干预，比较它们与 TDP-43 功能异常的关系。
团队使用患者及无神经疾病对照的诱导多能干细胞（induced pluripotent stem cells，iPSC），分化为脊髓神经元。主要检测一组受 TDP-43 影响的 RNA 表达与剪接结果，并补充蛋白定位及谷氨酸应激后的细胞反应。
研究先在对照神经元中表达只产生重复 RNA、不产生二肽重复蛋白的构建体。表达 G2C4 后，多项 TDP-43 相关 RNA 指标改变，少数细胞出现胞质 TDP-43 信号；明显蛋白聚集未被观察到。
一次短期暴露后，继续观察细胞反应
团队分别设计靶向 G4C2 和 G2C4 的反义寡核苷酸（antisense oligonucleotides，ASO），另设乱序序列对照。分化第 46 天加入 5 μM ASO，第 49 天换去含药培养液，之后每 2–3 天换液，并在不同时间点检测。
加入 ASO 后第 5 天即可观察到相应重复 RNA 的下降。G4C2 靶向 ASO 没有降低 G2C4，G2C4 靶向 ASO 也没有降低 G4C2，支持本实验中的序列选择性。
给药从已出现 TDP-43 功能相关异常后开始。第 5 和第 10 天，两种 ASO 都未能充分恢复这组表达和剪接指标；到第 15 和第 20 天，G2C4 靶向 ASO 的改善才更明显。
RNA 功能指标对两类干预反应不同
第 20 天的实验使用 3 个患者和 3 个对照 iPSC 细胞系，定量 PCR 检测 ELAVL3、PFKP、RCAN1、SELPLG、STMN2、UNC13A 等转录本。G2C4 靶向 ASO 改善了 TDP-43 相关表达变化，G4C2 靶向 ASO 没有产生同样的恢复。
另一组检测关注异常剪接，包括本应很少纳入成熟 RNA 的隐蔽外显子，以及异常截短的 STMN2。G2C4 靶向处理也改善了这些指标。团队还观察到少数胞质 TDP-43 阳性细胞的比例下降。
研究通过免疫沉淀后再检测 RNA，发现 G2C4 在 TDP-43 复合物中富集。作者将这一联系视为后续机制研究的线索，具体如何影响 TDP-43 仍需进一步研究。
谷氨酸损伤与剪接恢复得到不同结果
谷氨酸实验使用 10 μM、处理 4 小时，以碘化丙啶阳性细胞核比例检测细胞死亡，另用 Alamar Blue 检测活力。G4C2 和 G2C4 靶向 ASO 均减轻患者神经元对该应激的反应。
双 ASO 联合实验使用 4 个患者和 4 个对照细胞系。在表达与剪接指标上，联合处理较单独靶向 G2C4 没有增加获益；谷氨酸实验中，联合处理也没有比任一种单独处理提供额外保护。
因此，这项研究保留了两组不同结果：两种转录方向都与谷氨酸应激反应相关，而 TDP-43 表达及剪接恢复主要见于 G2C4 靶向条件。将 RNA、蛋白定位和细胞反应分别检测，有助于比较同一候选的不同作用。