培养天数相同，类器官的发育状态仍可能不同
威斯康星大学麦迪逊分校（University of Wisconsin–Madison）等团队在 Development 报道，视网膜类器官可以用整体形态划分发育阶段。研究希望解决一个实际问题：不同细胞系、批次甚至同一批培养物，不能仅凭培养天数认定处于相同状态。
团队持续观察 16 株人多能干细胞来源的类器官，包括 4 株胚胎干细胞系和 12 株诱导多能干细胞系。研究历时 3 年，涉及最多 12 名实验人员；各细胞系至少观察至第 175 天，所记录的培养时间范围为 175–470 天。
所有细胞系的培养物都能观察到 3 个共同阶段，但各阶段出现的时间明显重叠，同一批中也可能并存不同阶段的类器官。并非每个类器官都能到达第 3 阶段，因此培养时间与组织状态需要一同记录。
3 个形态阶段对应不同的细胞组成
第 1 阶段的类器官外围呈明亮的神经上皮样边缘。染色显示，外侧有大量仍在增殖的视网膜祖细胞，内侧则聚集较早出现的视网膜神经节细胞；这一阶段的内层结构已经开始形成，但尚不完整。
进入第 2 阶段后，明亮外缘消退，整体颜色加深。光感受器前体、逐渐分化的视杆和视锥细胞，以及多类视网膜中间神经元同时出现；细胞类型更加丰富，却通常还没有清楚分开的细胞核层和突触层。
第 3 阶段的表面出现毛刷样突起，对应发育中的光感受器外节。研究在外侧观察到较清楚的视锥和视杆分层、带状突触，以及穆勒胶质细胞参与形成的外界膜。电镜所见外节仍包含部分膜盘尚未规则堆叠的发育中结构。
活体成像与细胞标志相互核对
研究先在常规光学显微镜下判定整体外观，再用光学相干断层成像（optical coherence tomography，OCT）观察活体组织内部。3 个阶段分别呈现开放碗状、内部空腔及较明显分层等结构特征，使外观分期有了组织内部的对应依据。
免疫染色和透射电镜进一步检查细胞身份、外节与突触。光学代谢成像还在第 3 阶段记录到光感受器内节与外节区域不同的自发荧光分布，支持这些细胞仍具有代谢活动；这项检测没有直接测量光刺激引起的神经信号。
这些检查评价的对象各不相同：整体形态用于挑选阶段，OCT 观察组织构造，细胞标志和电镜则核对局部组成与细节。将它们对应起来，能够进一步判断外观相近的模型是否含有所需的细胞和结构。
外层逐渐成熟，内部神经节细胞却难以长期维持
在第 3 阶段，类器官外层的光感受器组织较完整，内部却逐渐出现细胞丢失和排列紊乱。研究在所有细胞系中都观察到视网膜神经节细胞减少，还发现部分光感受器出现在不合适的内部位置；外层结构改善与内部退变同时发生。
作者因此建议，研究神经节细胞时应关注第 1 阶段或较早的第 2 阶段；以光感受器为对象时，第 3 阶段更能提供相关结构。外界膜的形成也使作者提出，可进一步研究药物或基因递送材料从表面进入组织的过程，但这仍是后续应用方向。
这套分期首先用于比较模型质量和选择研究对象。同一批类器官可以处于不同阶段，即使采用同基因背景对照，也需要确认样本的发育状态；进入治疗评价前，模型阶段应与所关注的细胞和功能相匹配。