同一患者来源的 RPE 与类器官呈现不同异常
PRPF31 相关的视网膜色素变性（retinitis pigmentosa，RP）为何可以在不同视网膜细胞中表现不同，以及这些异常能否用于治疗评价，是这项研究的问题。2018 年，英国纽卡斯尔大学（Newcastle University）等多国团队在 Nature Communications 报告患者来源的视网膜色素上皮（retinal pigment epithelium，RPE）与三维视网膜类器官，并比较基因校正后的表型。
研究纳入 4 位患者，其中 3 位为具有同一 PRPF31 变异的亲属，另 1 位患者具有不同变异，并设 3 位健康对照。团队由诱导多能干细胞（induced pluripotent stem cell，iPSC）分别生成 RPE 和类器官，让疾病表型和校正结果能在两类相关组织中观察。
严重患者来源 RPE 的顶端–基底极性标志和上皮屏障均出现异常，色素上皮衍生因子（pigment epithelium-derived factor，PEDF）与血管内皮生长因子（vascular endothelial growth factor，VEGF）的分泌分布也改变，吞噬视杆外节的能力降低。临床较轻患者的吞噬结果却未显著下降，显示不同患者的基础表型存在差别。
剪接与蛋白变化随细胞类型而异
研究也从分子层面检查了这种组织差异。患者 RPE 中 PRPF31 表达下降更明显，蛋白检测还能检出一种较长的突变形式；相同的突变蛋白未在患者视网膜类器官中检出。作者指出，RPE 中残留突变蛋白是否具有显性负效应仍不清楚，因此补回表达与处理异常蛋白是需要分别研究的问题。
转录组分析显示，RPE 与类器官的异常外显子使用涉及不同基因群，同时都富集于前体 mRNA 及选择性剪接相关过程。后续定点检测确认，RPE 中 CPSF1、CNOT3 的剪接发生变化，类器官中则包括 RPGR、RPGRIP1L、IFT122 和 SORBS1。作者据此提出，剪接系统自身受扰可能进一步影响纤毛等细胞过程；这些分子结果仍需与实际纤毛和功能表型结合。
纤毛与超微结构变化揭示疾病表型
RPE 中，患者细胞的纤毛长度和具有纤毛的细胞比例均降低，电子显微镜可见较短、膨大的纤毛及排列异常的微管。类器官光感受器也出现纤毛比例降低和超微结构异常。研究把荧光标记与二维、三维电镜结合，避免仅凭一种图像判断纤毛状态。
第 21 周类器官中，患者组具有凋亡核的细胞数相对对照增加 150%，这一比较共分析 50 张透射电镜切片；17% 的患者切片出现应激空泡。这些数字分别以所分析细胞或切片为统计对象。第 43 周仍可见相应异常。
纤毛定量还需保留测量方式：RPE 用三维图像测长度，每样本至少 150 根纤毛，比例统计至少 300 个细胞；类器官则在切片图像最大强度投影中分割，计算所选区域的平均长度和纤毛/细胞比例。两套读数不宜直接当成相同几何测量。
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GABA 响应降低，cGMP 类似物响应未变
第 21 周类器官还接受微电极阵列（microelectrode array，MEA）检测。8-Br-cGMP 这一环磷酸鸟苷类似物引发的响应，在患者与对照之间没有差异；γ-氨基丁酸（gamma-aminobutyric acid，GABA）引发的放电增加，在临床最严重患者来源类器官中则较弱。
MEA 在此记录的是面向电极的神经节细胞输出。cGMP 类似物与 GABA 揭示了不同的基础功能差异；这项患者与对照比较，并未检测基因校正后的网络功能。
分化前基因校正改善 RPE 与光感受器表型
治疗概念验证使用临床最严重患者来源的 1 个校正 iPSC 克隆，再与未校正细胞平行分化成 RPE 和视网膜类器官。基因校正在分化前进行，因此实验检验的是校正背景下组织能否形成较正常的表型。
校正后的 RPE 和光感受器纤毛长度、出现比例提高，电镜显示纤毛微管排列及形态恢复；RPE 吞噬能力改善，分泌分布和顶端 MERTK、基底胶原 IV 标志也得到恢复。图 7 相关定量标注 n=3，统计方法说明通常为至少 3 次独立实验；这些重复仍来自单一校正克隆，多患者或多克隆的一致性尚未检验。
作者明确指出，若要转向患者治疗，还需在患者的 RPE 和光感受器中实现干预。本研究尚未验证在成熟组织或患者眼内实施干预的效果。患者疾病通常较晚出现，体外表型却在分化数周后已可观察，作者提出 RPE 过早衰老可能参与这一差别，仍需继续检验。