患者来源纹状体神经元中的 MSH3 干预
亨廷顿病与 HTT 基因中的 CAG 重复序列扩增有关。重复长度不仅在遗传时不同，也可能在患者体细胞中继续增加。2025 年发表于 Science Translational Medicine 的研究，由伦敦大学学院（University College London，UCL）等团队开展，考察降低 DNA 错配修复蛋白 MSH3 后，人源神经元中的重复扩增是否随之改变。
研究使用 1 名亨廷顿病患者来源、携带 125 个 CAG 重复的诱导多能干细胞（induced pluripotent stem cells，iPSC），形成富含纹状体神经元的培养物。约 86% 的细胞具有神经元标志，约 67% 具有纹状体神经元标志，约 30% 同时符合中型棘状神经元标志。
团队选择反义寡核苷酸（antisense oligonucleotide，ASO）降低 MSH3，同时设置非靶向 ASO 与载体对照，比较靶蛋白下降、重复序列变化和 ASO 本身引起的细胞反应。
靶蛋白下降与重复扩增减慢相对应
处理后，MSH3 转录本和蛋白随干预强度增加而下降，而相关蛋白 MSH2、MSH6 未出现相应变化。研究持续跟踪重复序列长度 15 周，观察到扩增速度随 MSH3 下降而减慢；最强干预条件下，整体重复长度不再呈净增加。
根据靶蛋白丰度与扩增速度之间的拟合关系，作者估算，MSH3 降低约 41% 可使扩增速度减半，降低约 83% 可使净扩增停止。
MSH3 缺失细胞中，重复序列也未继续扩增，并出现轻微净收缩。ASO 处理组在第 9 周和第 15 周检测时未见明显细胞活力下降。
FAN1 缺失模型与低频大幅重复扩增
未敲除 FAN1 的模型中，15 周的绝对重复长度变化较小。团队因此加入缺少 FAN1 的衍生神经元模型：这一背景下重复扩增更快，便于检验 MSH3 干预能否在扩增倾向更强时仍产生作用。最大靶点抑制条件下，整体重复长度的进一步增加同样受到阻止。
在 FAN1 缺失模型中，团队还检查了低频、大幅度扩增事件，部分序列达到 403 个 CAG 重复。MSH3 靶向 ASO 组中这类事件的频率较低，但组间差异未达到统计学显著性。
3 种 MSH3 靶向 ASO 的转录效应比较
团队在整体 RNA 测序中比较了 3 种靶向 MSH3 的 ASO。非靶向 ASO 与载体之间已有 5,290 个差异表达基因，变化涉及 RNA 与蛋白代谢、细胞定位和结构组织等过程，作者认为这可能与 ASO 的化学性质有关。
以非靶向 ASO 为参照，ASO-3、ASO-2 和 ASO-1 分别产生 2 个、53 个和 781 个差异表达基因。ASO-1 还引起突触膜和神经发育相关基因表达下降，另 2 个分子未显示同样的通路变化。ASO-1 的预测脱靶基因中，ATG5 和 EYS 的表达降低，作者据此提出具体序列的脱靶作用可能参与这些变化。
即使 MSH3 降低超过 95%，研究也未发现 DNA 修复和癌症相关通路显著失调。作者同时指出，2 周的转录分析还不足以观察长期基因组影响。研究使用的是探索生物学问题的工具分子，化学性质和序列相关效应仍需在治疗性分子的开发中进一步优化。
单核分析补充细胞组成与作用范围
为了确认整体表达变化是否来自细胞组成改变，团队对持续处理 12 周的培养物开展单核 RNA 测序。分析得到 5 个细胞分组，靶向与非靶向 ASO 组中的比例相近，没有出现只属于某一处理条件的新分组。
各细胞分组的 MSH3 转录本均减少。整体测序发现的突触和神经发育相关基因表达下降，也在单核分析中出现，且未局限于某一细胞状态。
小鼠体内靶点作用与临床设计问题
研究另以表达人 MSH3 的小鼠进行体内靶点验证。在作用最强的受试条件下，皮层、纹状体、脑干和脊髓的 MSH3 转录本分别减少 49%、46%、77% 和 74%。2 周观察时，未见异常笼内行为、运动异常或所用组织标志提示的神经退行性改变。该实验验证了人源靶点在体内受到抑制，疾病表型和长期作用仍留待后续研究。
作者将患者来源神经元作为分析靶点抑制、重复长度和细胞表达变化的平台，并提出后续需要选择能在临床试验周期内测出变化的疾病阶段。培养物中的变化发生在数周尺度，而人脑的重复扩增可持续数十年；如何把细胞结果转化为临床设计，仍是药物开发需要解决的问题。