多供者 iPSC 心肌分化的细胞比例与表达质控
结合遗传身份识别和单细胞表达分析，检查混合培养及心肌分化时各细胞系是否仍被代表。
用途与模型
- 研究用途
- 为多供者人源药物研究检查模型组成和细胞系特异表达；原研究未评价药物反应预测性能。
- 模型与细胞来源
- 以 3 条人诱导多能干细胞（induced pluripotent stem cells，iPSC）细胞系开展 3 个实验地点的比较，并以 18 条 iPSC 细胞系检查共同心肌分化和多次传代的影响。
- 方法版本
- 原论文实际评价版本
- 实验形式
- 独立培养与细胞村比较，另检查冻存/复苏、心肌分化和传代。
材料与平台
- 细胞来源
- 不同供者 iPSC；较大实验为 18 条细胞系。
- 身份与状态检测
- 单细胞 RNA 测序，结合遗传变异进行细胞系归属、双细胞排除及表达分析。
- 分析参照
- 独立培养的同一细胞系、不同地点/冻存状态和既有表达数量性状位点（expression quantitative trait loci，eQTL）结果。
测量指标与分析
- 各细胞系占比和是否仍可检出
- 细胞系、培养状态和交互项解释的表达变异
- eQTL 效应方向一致性
- 细胞状态相关的动态表达差异
分别分析来源组成和表达特征，避免以总体相关性代替细胞系持续存在。心肌分化与传代的丢失数量单独计数。
研究设计与结果
多实验室研究
- 研究设计
- 独立培养与细胞村比较，另检查冻存/复苏、心肌分化和传代。
- 测试范围
- 3 条细胞系比较来自 3 个实验地点；扩展实验为 18 条细胞系、15 天心肌分化及第 1/4/8 代观察。
- 参照体系
- 同一细胞系独立培养、混合培养，以及不同地点、冻存状态和传代阶段。
- 研究结果
- 表达特征仍可辨认；18 系心肌分化 15 天有 5 系不再检出，第 8 代有 10 系不再检出。较大实验可测既有 eQTL 的 83% 方向复现。
适用条件与研究局限
- 供者比例受生长速度影响，混合培养不保证各来源始终等比例。
- 3 个地点中有 1 个地点接种密度较低；冻存与新鲜样本的变异分解分别解释。
- 本研究检验模型组成与转录特征，没有完成药物效应或临床毒性预测验证。
来源与原文
- A village in a dish model system for population-scale hiPSC studies原始研究 · Nature Communications · 2023-06-09