肝癌蛋白组亚型与患者来源细胞的索拉非尼药敏预测
把组织蛋白组分型与患者来源细胞（patient-derived cells，PDC）剂量反应相联系，以 Cell Counting Kit-8（CCK-8）测量活性，并用蛋白特征预测连续药敏指标。
用途与模型
- 研究用途
- 探索肝癌蛋白组亚型及蛋白特征对索拉非尼体外敏感性的解释与预测，不作为已确立的临床选药规则。
- 模型与细胞来源
- 26 份手术肝细胞癌来源 PDC 孔板模型，按其蛋白组聚类至 SI/SII/SIII。
- 方法版本
- 2023 年 26 PDC/4 天索拉非尼与 16 训练 10 测试版本
- 实验形式
- 索拉非尼处理 4 天，CCK-8 代谢活性归一化为相对活性，拟合剂量反应曲线下面积；随机 16 训练/10 测试弹性网络。
材料与平台
- 组织分型背景
- 初始 160 对组织，质控后 152 对分 SI49/SII47/SIII56；SP9 的 9 蛋白分类的 253 训练/159 验证独立于药敏模型。
- 实测药物
- 26 PDC 接受索拉非尼浓度系列，以二甲基亚砜为对照，原方法每条件 5 孔；4 天 CCK-8 活性。
- 计算特征
- 训练集中选择 19 蛋白特征并建立弹性网络，预测测试集的剂量反应曲线下面积。
测量指标与分析
- 索拉非尼剂量反应曲线下面积
- 亚型内与亚型间药敏分布
- 达到半数抑制的模型比例
- 10 模型预测/实测连续药敏相关
将 9 蛋白组织分类、19 蛋白药敏预测和实际 PDC 反应分开。不同组学人数、孔内技术重复和患者模型数分别登记。
研究设计与结果
实验条件比较
- 研究设计
- 26 患者来源细胞比较亚型药敏，16 训练/10 测试验证弹性网络预测。
- 测试范围
- 26 份肝癌手术样本建立 PDC；每条件 5 孔为技术重复，不增加患者数。
- 参照体系
- 溶剂、不同索拉非尼浓度、3 个蛋白组亚型和独立划出的 10 个测试模型。
- 研究结果
- SII/SIII 总体较 SI 敏感，但亚型内反应分布宽；10 测试模型预测与实测曲线下面积相关，原文 r²=0.753，p=0.0011。
适用条件与研究局限
- 预测验证仅 10 个模型，不是患者临床应答准确率。
- 部分亚型差异在 32 μM 条件明显，不直接对应人体可达暴露。
- 药物检测方法写 8 点 0.25 nM–32 μM，结果却涉及 32 μM 及更高浓度，剂量范围并未一致。
- PDC 模型不保留完整肿瘤微环境；临床预测仍需前瞻试验。
来源与原文
- Integrated omics landscape of hepatocellular carcinoma suggests proteomic subtypes for precision therapy原始研究 · Cell Reports Medicine · 2023-12-12