二维癌模型到类器官的基因依赖预测验证
冻结二维癌模型训练的表达型 Elastic Net，用 Broad 和 Sanger 类器官队列检查基因依赖排序迁移，并与肿瘤谱系参照比较。
用途与模型
- 研究用途
- 评价靶点依赖预测从二维细胞到患者来源类器官的迁移能力，为靶点优先排序提供有边界的验证资料。
- 模型与细胞来源
- 20 个预选基因的基因表达预测模型；二维开发数据 852 个模型，外部 Broad 94 个及 Sanger 148 个类器官模型。
- 方法版本
- 2026 年 20 基因表达型 Elastic Net 外部验证
- 实验形式
- 患者分组嵌套交叉验证、锁定内部测试、冻结外部预测与盲法结局评价。
材料与平台
- 表达与依赖数据
- 二维模型转录组及对应依赖结局；Broad、Sanger 类器官外部队列。
- 预测与参照
- 仅表达信息的 Elastic Net；肿瘤谱系预测和谱系内置换作为参照。
测量指标与分析
- 逐基因类器官排序的 Spearman 相关
- 相对谱系预测的增益及置信区间
- 单个类器官内基因排序
- 前 3 位基因重合
二维 681 个模型进行患者分组嵌套交叉验证，171 个模型锁定测试；全部 852 个模型重新拟合后冻结，Sanger 结局开放前封存预测。
研究设计与结果
盲法比较研究
- 研究设计
- 冻结模型在 Broad 队列探索，再于 Sanger 类器官中进行结局盲法验证。
- 测试范围
- Broad 94 个模型；Sanger 148 个模型来自 144 名供者。
- 参照体系
- 逐靶点实测依赖结局、肿瘤谱系预测及谱系内置换。
- 研究结果
- 逐靶点相关均值为内部测试 0.4094、Broad 0.1518、Sanger 0.1015。Sanger 相对谱系参照增益 0.0462，95% CI −0.0065–0.0986；CDK6、MDM4、CCNE1 通过多重校正。
适用条件与研究局限
- 靶点历史选择曾使用全部 852 个二维模型，内部锁定测试仅属有条件确认。
- 仅支持所选 20 基因内的弱迁移；额外优于谱系预测的增益仍不确定。
- 胰腺队列结果仍为未验证预测；不作为前瞻性药物或全基因组效用证明。