横版独立误差图在统一 0 至 0.6 轴上分别表示均方根误差 0.49 ± 0.06 和平均绝对误差 0.38 ± 0.05;R²为 0.55,在旁单独列示。
MEMS 摘要报告的回归误差。横线表示摘要给出的 ± 数值,R² 单独列示。(NAMs China)

分子表面表示用于脑血分布比回归

美国普渡大学(Purdue University)团队在 Molecular Pharmaceutics 报告一种分子表示方法:分子表面流形嵌入(Manifold Embedding of Molecular Surface,MEMS)将量子信息用于编码分子,再以深度学习预测血脑屏障(BBB)相关的脑血分布比对数 logBB。研究使用 B3DB 血脑屏障数据集。

作者报告平均均方根误差为 0.49 ± 0.06,平均绝对误差为 0.38 ± 0.05,决定系数 R² 为 0.55。误差指标描述预测值与数据值的差距,R² 描述模型对数据变化的拟合程度;这些结果对应连续数值预测。

数据组别与立体化学信息影响模型表现

作者指出,模型表现受数据量与质量影响,不同 B3DB 数据组之间存在明显波动,logBB 数值的分布也不均衡。

研究还关注手性与立体化学。作者认为这些特征对通透性有重要影响,但现有数据中的立体化学资料有限,限制了模型学习相关差异。作者建议今后整理质量更高、立体化学更充分的测量,并处理数据分布不平衡。

来源与延伸阅读

  1. Manifold Embedding of Quantum Information as Molecule Representation to Predict Blood-Brain Barrier Permeability by Deep Learning. Molecular Pharmaceutics (2025). ↗