GR 指标校正癌细胞药效与基因关联
按归一化生长率抑制（normalized growth rate inhibition，GR）指标评价癌细胞药效，分别报告所需抑制浓度和最高测试浓度下的作用幅度，减少分裂时间相关偏差。
用途与模型
- 研究用途
- 重新比较癌细胞药物敏感性和基因变异关联，提高跨实验数据可比性。
- 模型与细胞来源
- 公开人癌细胞药物筛选；基因泰克细胞系筛选计划（Genentech Cell Line Screening Initiative，gCSI）包含分裂时间，部分癌症治疗反应门户（Cancer Therapeutics Response Portal，CTRP）的起始细胞量通过吉西他滨基准推算。
- 方法版本
- 2017 年 gCSI 与 CTRP 药物筛选再分析
- 实验形式
- gCSI 按 72 小时检测时长及细胞分裂资料计算 GR50、GRmax 和曲线面积；CTRP 使用满足推算条件的细胞系，另采用 2 μM 的 GR 值。
材料与平台
- 输入
- 相对细胞量、未处理增长或分裂时间、药物浓度反应与细胞基因变异；起始量可测量或在限定条件下推算。
- 推算筛选
- CTRP 基准反应需满足拟合、低噪声及跨数据集浓度差条件；过高浓度数据排除，未为所有细胞补齐起始量。
- 统计
- 组织分组和比较组至少各 4 个细胞系；Wilcoxon 秩和检验配合 Benjamini–Hochberg 假发现率控制，显著阈值 0.15。
测量指标与分析
- GR50 所需抑制浓度
- GRmax 最高测试浓度作用
- 2 μM 的 GR 反应
- 药物基因变异统计关联
- 跨研究曲线面积相关性
校正分裂速度后重新分析药物和基因关联，将所需抑制浓度与细胞增长或死亡幅度分别报告。
研究设计与结果
药物集评价
- 研究设计
- 同一药物数据比较常规 IC50 与 GR 指标，并检查 gCSI/CTRP 跨研究表现。
- 测试范围
- 公开人癌细胞数据再分析；仅满足基准推算条件的 CTRP 细胞进入 GR 校正。
- 参照体系
- IC50、常规曲线面积与 GR50/GRmax/GR 曲线面积。
- 研究结果
- 122 项 IC50 显著关联中约 40% 在 GR50 下保留；GR50 与 GRmax 各 99 项关联仅 18 项共同出现，跨研究相关性提高。
适用条件与研究局限
- 性能来自既有药物筛选数据的再分析。
- 部分起始量以药物基准推算，存在质量筛选与假设。
- 校正依赖能够增长的细胞及可靠的未处理增长资料。
来源与原文
- Alternative drug sensitivity metrics improve preclinical cancer pharmacogenomics.原始研究 · Nature Biotechnology · 2017-06-07