CCLE 分子特征与药物反应的分类和回归分析
将癌细胞系百科全书（Cancer Cell Line Encyclopedia，CCLE）的分子特征与药物反应配对，寻找稳定敏感性关联。
用途与模型
- 研究用途
- 预测候选药物反应，并检验肿瘤谱系对候选生物标志物的影响。
- 模型与细胞来源
- 947 个人源细胞系的分子资料；药敏约 480 个模型、24 种药物。
- 方法版本
- 2012 年公开作者稿所载研究版本
- 实验形式
- 分子特征矩阵与 8 点浓度—反应数据的离散或连续预测。
材料与平台
- 输入资料
- 突变、DNA 拷贝数、mRNA 表达及谱系；每个特征在模型间转为 z 分数，超过 50000 输入特征。
- 反应指标
- 最大作用、半最大作用浓度、Hill 斜率、半数抑制浓度（half-maximal inhibitory concentration，IC50）及作者定义的作用面积；按具体分析使用离散敏感标签或连续值。
- 计算评价
- 朴素贝叶斯分类与弹性网络回归；分别比较含/不含表达资料模型，十折交叉验证，并重复抽样筛稳定回归特征。
测量指标与分析
- 药物敏感类别
- 连续药敏值
- 交叉验证预测表现
- 重复抽样稳定特征
- 谱系特异性关联
同时考察全模型和谱系内预测，检查谱系混杂；候选特征再与已知关系、独立资料或基因干预对照。
研究设计与结果
训练集与交叉验证
- 研究设计
- 在配对药敏与分子资料上建立分类/回归，并以十折交叉验证和重复抽样考察表现。
- 测试范围
- 约 480 药敏模型；不同药物与特征分析按实际有效数据集合。
- 参照体系
- 已知 EGFR、ERBB2、BRAF 等药物关联；全细胞系与黑色素瘤内模型；NCI-60 支持 SLFN11 关联。
- 研究结果
- 找回已知关系；黑色素瘤内模型优于直接应用全谱系分类器；AHR 关联获得部分 NRAS 细胞干预支持。
适用条件与研究局限
- 肿瘤谱系可能造成混杂；SLFN11 与药敏有统计关联，但论文报告的降低表达实验未改变细胞敏感性表现。
- 药敏资料覆盖约 480 个模型，未覆盖全部 947 个分子资料模型。
- 具体临床分层用途仍需要配对患者结局。
来源与原文
- The Cancer Cell Line Encyclopedia enables predictive modeling of anticancer drug sensitivity原始研究 · Nature · 2012-03-28