癌细胞模型的耐药表达临床参照比较
用预先整理的多药耐药（multidrug resistance，MDR）相关基因，比较常用癌细胞模型与患者肿瘤的表达背景。
用途与模型
- 研究用途
- 在抗癌药物耐药机制或候选作用研究前，检查细胞模型是否保留相应患者肿瘤的耐药相关表达背景。
- 模型与细胞来源
- 以卵巢癌细胞系及耐药衍生/三维/移植参照为主，并扩展其他实体瘤和白血病模型。
- 方法版本
- 2011 年耐药基因表达及临床参照比较
- 实验形式
- TaqMan 低密度阵列检测 380 个耐药相关基因；比较患者组织/积液与模型表达，另做美国国家癌症研究所（National Cancer Institute，NCI）细胞系组的癌种分类平台比较。
材料与平台
- 临床参照
- 80 例未治疗原发卵巢浆液性癌组织与 32 份积液样本；积液样本数量不代表新增独立患者。
- 表达处理
- 按基因名匹配数据、对每样本表达作中位数归一化并合并重复探针；方向统一为数值较高表示表达较高。
- 三维条件比较
- OVCAR-5 比较悬滴、Algimatrix、Geltrex 及低附着板，作为同一细胞背景中的形式比较。
测量指标与分析
- MDR 相关表达与临床材料的聚类关系
- 3 类卵巢来源的差异表达
- 二维/三维与相应参照的一致性
- NCI 癌种分类留一交叉验证比例
以相关距离和平均连接法聚类，并用其他距离检查来源分离；癌种分类在留出样本后重新选基因和训练判别器。分类正确比例不解释为药物响应预测。
研究设计与结果
实验条件比较
- 研究设计
- 临床原发组织/积液与培养模型；OVCAR-5 二维/4 种三维形式；表达平台及多个癌种参照。
- 测试范围
- 80 例原发卵巢癌患者组织、32 份积液样本和 36 份模型表达资料；模型资料数不等于独立细胞系或患者数，其他癌种按各自分组。
- 参照体系
- 匹配研究范围的临床表达背景、同一细胞系不同培养形式及 2 种表达平台。
- 研究结果
- 多数卵巢/实体瘤模型与临床表达分离；OVCAR-5 改变三维形式未明显纠正；部分白血病模型仍与未治疗 T 细胞急性淋巴细胞白血病同簇。
适用条件与研究局限
- 三维培养形式只在 OVCAR-5 中比较；模型质量结论以耐药相关表达为依据。
- 临床异质性、不同样本来源和平台覆盖影响解释。
- 数据汇总写 NCI-60 中 59 条细胞系，分类表注以 60 条表述；急性髓系白血病在材料段为 15 份诊断样本、图注为 11 组诊断/复发配对，两处样本口径不同，不能作为统一的白血病比较分母。
来源与原文
- Redefining the relevance of established cancer cell lines to the study of mechanisms of clinical anti-cancer drug resistance原始研究 · Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America · 2011-11-08