AI 靶点与候选选择后的 TNIK 人源肺细胞评价
多组学和结构计算提出 TNIK 候选，通过激酶/结合检测及患者和健康供者原代肺细胞评价抗纤维化作用。
用途与模型
- 研究用途
- 抗纤维化靶点选择、分子优化，以及人源细胞中的药效与细胞数量变化评价。
- 模型与细胞来源
- PandaOmics/Chemistry42 计算资料；MRC-5，以及原代肺成纤维和支气管上皮两种模型，每种细胞各有 3 位 特发性肺纤维化（idiopathic pulmonary fibrosis，IPF） 与 3 位健康供者来源。
- 方法版本
- 2024 年 TNIK/INS018_055 计算发现与供者细胞版本
- 实验形式
- 激酶与表面等离子共振（SPR）检测，以及转化生长因子 β（TGF-β）诱导细胞的高内涵成像；同时分析 α-平滑肌肌动蛋白（α-SMA）、纤维连接蛋白（FN1）及 DAPI 染色细胞核数量。
材料与平台
- 计算候选
- 多组学、网络和文献排序后采用激酶、新颖性及小分子可成药性过滤；Chemistry42 结构设计与成药性检测迭代。
- 人源细胞设计
- 在 TGF-β 刺激前加入 INS018_055，72 小时后检测 α-SMA 或 FN1，并计算剩余细胞核比例。
- 对照
- 以 TGF-β 刺激并加溶剂的细胞为对照，与不同浓度的候选药物比较；按检测对象选用尼达尼布或 SB525334 作为药效参照。
测量指标与分析
- 430 激酶筛选及 42 重点激酶 IC₅₀
- TNIK SPR Kd
- α-SMA /FN1 浓度—效应
- DAPI 细胞核计数
靶点计算假设与真实细胞干预分开；酶学、亲和力、蛋白表达和细胞保留按各指标比较。
研究设计与结果
实验条件比较
- 研究设计
- 原代人肺细胞抗纤维化诱导阶段评价，配合生化靶点检验；健康志愿者 PK 不作为体外临床预测验证。
- 测试范围
- 原代肺成纤维和支气管上皮两种细胞模型分别各有 3 位 IPF 与 3 位健康供者；供者按两种细胞模型分别记录。图 2d 代表曲线有 2 个实验重复，图 2c 的 MRC-5 结果 n = 3。
- 参照体系
- 各供者细胞均在 TGF-β 刺激下，比较溶剂对照与不同浓度的候选药物；支气管细胞另与尼达尼布比较；MRC-5 的细胞活力与 α-SMA 指标分别评价。
- 研究结果
- TNIK 的 IC₅₀ 为 31 nM，Kd 为 4.32 nM。IPF 供者成纤维细胞 α-SMA 抑制 IC₅₀ 分别为 50、79 和 63 nM，健康供者分别为 79、200 和 320 nM；IPF 供者支气管细胞 FN1 抑制值为 250–400 nM，尼达尼布为 1600–7900 nM。核计数未明显下降。
适用条件与研究局限
- 药物在诱导前加入，未验证已建立纤维化逆转或患者响应预测。
- 候选还抑制其他纤维化相关激酶，全部细胞作用不归于单靶点。
- 核计数反映当前细胞保留，不构成全面毒性/人体安全评价。
- 健康志愿者一期仅支持短期 PK/耐受性，患者效力尚需试验。
来源与原文
- A small-molecule TNIK inhibitor targets fibrosis in preclinical and clinical models原始研究 · Nature Biotechnology · 2024-03-08