结肠类器官 IL-22 转录特征与治疗反应分析
类器官 IL-22 响应基因构成特征集，结合患者治疗前活检分析乌司奴单抗反应差异。
用途与模型
- 研究用途
- 上皮信号特征、炎症机制与生物药反应的转化研究。
- 模型与细胞来源
- 6 位非 IBD 成人来源的结肠类器官；患者临床活检属于另一个 UNIFI 队列。
- 方法版本
- 2022 年 IL-22/UNIFI 转录关联研究版本
- 实验形式
- 分化类器官的 IL-22 刺激与 RNA-seq，前 50 个上调基因用于 GSVA/ssGSEA 富集分析。
材料与平台
- 人结肠隐窝类器官
- 成熟分化后短期 IL-22 刺激；图 1 转录实验为 4 个生物重复。
- RNA-seq 与患者活检表达数据
- 类器官差异表达和 UNIFI Affymetrix 数据采用各自处理流程。
- TopHat/HTSeq、R/Stan、GSVA
- 差异分析控制供者重复/样本聚类，临床资料计算特征富集。
测量指标与分析
- IL-22 响应差异表达
- 富集分数
- 中性粒细胞相关通路
- 第 8 周临床/黏膜/深度缓解
把体外诱导的上皮特征应用到治疗前活检，比较不同富集水平的治疗结局；不是在类器官内直接测试乌司奴单抗药敏。
研究设计与结果
机制研究
- 研究设计
- 类器官扰动特征与既有随机临床试验的活检及结局关联。
- 测试范围
- 模型来源 6 位成人，主要转录实验 4 个生物重复；UNIFI 表达资料 550 位 UC 患者，具体结局分析使用相应分组。
- 参照体系
- 类器官有/无 IL-22、患者不同富集水平及安慰剂资料。
- 研究结果
- 高 IL-22 特征富集与较差乌司奴单抗诱导期反应相关；低富集组的临床、黏膜和深度缓解比例较高。
适用条件与研究局限
- 体外特征来自非 IBD 上皮模型，患者治疗结局为队列分析。
- 部分其他生物药数据集未显示显著关联。
- 尚未在独立前瞻性试验中验证该评分指导用药的效果。
来源与原文
- Interleukin-22 regulates neutrophil recruitment in ulcerative colitis and is associated with resistance to ustekinumab therapy原始研究 · Nature Communications · 2022-10-03