胃癌组织与类器官的 107 基因分型比较
以固定 RNA 面板比较胃癌组织与配对类器官的癌症基因组图谱（TCGA）及肿瘤微环境（TME）分型，并对 EB 病毒及微卫星不稳定状态进行参照检查。
用途与模型
- 研究用途
- 评价患者组织与培养模型的分子分型是否一致，以及培养后表达状态的变化。
- 模型与细胞来源
- 38 例未经治疗的胃腺癌组织；配对患者来源类器官（PDO）。完整分型比较为 11 对确认含癌材料，EB 病毒/微卫星参照比较为 10 对，其中包含 1 例原取材未含癌的培养物。
- 方法版本
- 2025 年固定 107 基因 RNA 面板的 10 对参照与 11 对分型比较
- 实验形式
- Nanostring nCounter 107 基因 CodeSet；57 个 TCGA、50 个 TME 基因，每份 100 ng RNA，过夜杂交。nSolver 4 质量控制后，RUV-III 算法利用技术重复校正表达变异，特征特异性分位数归一化（FSQN）将表达值转换到既有分型模型的目标分布，再应用这些模型。
材料与平台
- 检测材料
- 石蜡包埋胃癌组织和配对 PDO 提取的 RNA，固定 107 基因面板。
- 参照
- EB 病毒编码小 RNA 原位杂交及五重微卫星聚合酶链式反应（pentaplex PCR）；组织病理用于确认取材身份。
- 计算输出
- 4 类 TCGA 分型、TME 高/低组及相应连续评分。
测量指标与分析
- EB 病毒及微卫星状态与参照的一致性
- 原组织与 PDO 的 TCGA/TME 分型一致率
- 配对连续分型评分差异
检查 RNA 与计数质量后校正技术差异，将表达分布转换为训练数据的尺度，应用既有模型；分别评价参照一致和配对分型变化。
研究设计与结果
药物集评价；实验条件比较
- 研究设计
- 将面板判定与 EB 病毒、微卫星独立参照检测比较。
- 测试范围
- 10 对原组织/PDO 材料。
- 参照体系
- EB 病毒原位杂交及微卫星 PCR。
- 研究结果
- EB 病毒和微卫星不稳定状态均与参照一致。
适用条件与研究局限
- 验证限这 2 类状态；基因组稳定/染色体不稳定未以同类基因组参照验证。
药物集评价；实验条件比较
- 研究设计
- 比较原肿瘤和确认含癌 PDO 的分型。
- 测试范围
- 11 对材料。
- 参照体系
- 各患者原组织与其配对 PDO。
- 研究结果
- TCGA 分型一致 63.6%，TME 分型一致 81.8%；部分评分和类别随培养变化。
适用条件与研究局限
- 原组织与上皮培养物的细胞组成不同。
- 单中心小队列，未验证据此选药的患者结局。
来源与原文
- A 107 Gene Nanostring Assay Effectively Translates the Cancer Genome Atlas, and Tumour Microenvironment Gastric Cancer Molecular Classification to a Patient‐Derived Organoid Model原始研究 · Genes, Chromosomes and Cancer · 2025-11-12