结肠类器官细胞因子特征与治疗反应评分
类器官细胞因子响应转录特征构建总富集分数，关联 IBD 患者生物药治疗反应。
用途与模型
- 研究用途
- 黏膜炎症分层及治疗反应相关分子特征研究。
- 模型与细胞来源
- 人结肠上皮类器官的 IFNγ、IL-13、IL-17A 和 TNF 响应；另测试的 IL-9 影响较小，未计入 4 类核心评分。
- 方法版本
- 2022 年 4 类细胞因子/TES 研究版本
- 实验形式
- Matrigel 类器官 RNA-seq，4 类各取前 50 个上调基因，结合患者活检 GSVA 与总富集分数 TES。
材料与平台
- 人结肠类器官与 Illumina RNA-seq
- 分化后短期细胞因子刺激，RNA 质量 RIN>9。
- GSVA 与临床活检表达数据
- UNIFI/UNITI2/PROgECT 及公开表达数据，治疗反应按各试验定义。
- OmniPath、DoRothEA 与 Cytoscape
- 因果网络用于通路/候选调节因素分析，计算候选与实验药效分开。
测量指标与分析
- 细胞因子差异表达
- 单特征富集分数与 TES
- 治疗反应 ROC/AUC
- 信号网络与候选因素
差异表达使用含供者重复/聚类的模型；患者按特征富集梯度分层，TES 与后续生物药反应关联。
研究设计与结果
机制研究
- 研究设计
- 多细胞因子特征与既有 IBD 队列的治疗结局关联，另以公开队列检验炎症分层。
- 测试范围
- 主要活检队列 UNIFI 550、UNITI2 126、PROgECT 84；各药物结局使用其具体亚组，其他公开数据另列。
- 参照体系
- 不同细胞因子/无刺激及临床应答/不应答分组。
- 研究结果
- 结肠型 CD 的原研究治疗亚组中，TES 对英夫利西单抗反应的 AUC 为 0.95，对乌司奴单抗为 0.78；UC 的区分较弱。
适用条件与研究局限
- 上述 ROC 属于各研究分组，尚无统一前瞻性用药指导验证。
- 临床组织、类器官和计算网络使用不同数据单位。
- 网络中候选调节因子需另作具体药物实验确认。