KiGEP 肾类器官表达评分与损伤分析
以正常肾组织为参照，比较类器官的肾上皮表达特征及药物处理后的变化。
用途与模型
- 研究用途
- 评估肾类器官分化状态，以及以肾上皮损伤为主的药物响应。
- 模型与细胞来源
- 成人肾组织来源类器官及人多能干细胞来源类器官；药物实验使用干细胞来源模型。
- 方法版本
- 2026 年原研究的整体 RNA 测序评分版本
- 实验形式
- 转录组评分结合类器官药物处理、形态和凋亡检测
材料与平台
- 表达参照
- GTEx v8 的 21 种器官、7,361 份 RNA 测序样本；评分计算以 31 份肾组织和 2 份未分化类器官表达数据为参照。
- 细胞与培养材料
- 人肾组织来源上皮类器官采用基底膜提取物；干细胞来源模型以 H9 胚胎干细胞为主，使用胶原支持的 Transwell 培养。
- 测序及分析
- 整体 RNA 测序；正常肾组织与类器官的指定基因表达用于距离计算，另结合组织染色和凋亡检测。
测量指标与分析
- 相对正常肾组织的 KiGEP 相似度评分
- 分化阶段及药物处理前后的评分变化
- 肾小管形态、KIM-1 等损伤指标和凋亡
将每个基因的表达限定在参照范围内，以曼哈顿距离计算 0%–100% 相似度；结合独立形态和损伤指标解释评分。
研究设计与结果
药物集评价
- 研究设计
- 比较正常组织、发育阶段和类器官；测试损伤药物及保护性联合处理。
- 测试范围
- 正常肾组织外部数据 72 份；药物比较为卡托普利、多柔比星和顺铂，另设顺铂与西咪替丁联合处理。
- 参照体系
- 正常肾组织、未分化细胞、未处理类器官及相应药物组。
- 研究结果
- 外部正常肾组织平均评分超过 98%；多柔比星和顺铂降低类器官评分，联合西咪替丁使顺铂组评分部分恢复。
适用条件与研究局限
- 评分主要反映肾上皮特征和结构相关表达；血管和免疫成分不在当前基因组合中。
- 论文方法与结果列出 86 个基因，讨论列出 83 个；使用基因清单时需核对作者的具体版本。
- 少量药物及保护性处理提供可行性证据，尚未建立广泛药物预测性能。
来源与原文
- KiGEP: a quantitative algorithm for calculating human kidney similarity and nephrotoxicity in human kidney organoids原始研究 · Experimental & Molecular Medicine · 2026-08-03