胃类器官基因—顺铂相互作用筛选
工程化人胃类器官结合基因扰动与顺铂反应，筛选影响细胞生长和药物处理后的增殖恢复的因素。
用途与模型
- 研究用途
- 顺铂敏感性相关基因发现与功能验证。
- 模型与细胞来源
- 由非肿瘤人胃类器官建立的 TP53/APC 双敲除背景；部分结果在另一 TP53 背景模型中验证。
- 方法版本
- 2025 年 TP53/APC 胃类器官功能筛选版本
- 实验形式
- 三维类器官基因扰动筛选；命中基因另在 96 孔 Matrigel 模型中做顺铂浓度反应。
材料与平台
- 工程化人胃类器官
- CRISPR 抑制/激活筛选使用相同 1952 个 DNA/RNA 结合蛋白相关基因集；基因敲除生长试验为另一批筛选。
- AlamarBlue 与 Synergy H1
- 命中验证 12 点浓度反应，每浓度 4 孔，给药后 3 天测细胞活性。
测量指标与分析
- 扰动丰度变化
- 药物与基础生长相互作用
- 顺铂浓度反应 IC50
- EdU 增殖/恢复
- RNA 与染色质表征
未给药与顺铂组比较，区分基础生长依赖和药物相关效应；iCRISPRi/iCRISPRa 各为 2 次独立试验，命中基因另做活性和增殖验证。
研究设计与结果
机制研究
- 研究设计
- 基因扰动结合顺铂筛选，TAF6L 命中以抑制、恢复表达和另一模型进行功能研究。
- 测试范围
- 工程化胃类器官背景；1952 基因的抑制/激活筛选各 2 次独立试验，验证的 4 孔为技术重复。
- 参照体系
- 非靶向对照、不给药/顺铂及不同基因表达条件。
- 研究结果
- TAF6L 抑制使类器官对顺铂更敏感并削弱处理后增殖恢复，恢复表达可改善该表型。
适用条件与研究局限
- 工程化胃类器官不是多患者肿瘤药敏预测队列。
- 激活筛选重复相关性低于抑制筛选。
- 命中验证限于所测胃类器官背景，未提供独立临床队列。
来源与原文
- Large-scale CRISPR screening in primary human 3D gastric organoids enables comprehensive dissection of gene-drug interactions原始研究 · Nature Communications · 2025-08-14