克罗恩病回肠类器官转录特征与 LINCS 候选药物分析
患者回肠类器官差异表达与 LINCS Touchstone 药物扰动特征反向匹配，筛选潜在可逆转疾病特征的候选药物。
用途与模型
- 研究用途
- 克罗恩病上皮特征与药物候选的计算线索筛选。
- 模型与细胞来源
- 患者回肠活检建立的 3 周类器官；B1 与 B2 各 8 例，另含非 IBD 对照。
- 方法版本
- 2021 年 B1/B2 回肠类器官特征研究版本
- 实验形式
- Matrigel 三维培养与 3′ RNA 测序，差异表达后进行 LINCS 特征匹配。
材料与平台
- 患者回肠类器官与 RNA 测序
- 原文采集队列为 16 例 CD/13 例对照；RNA 测序表列 16 例 CD/12 例对照。
- QuantSeq、NextSeq 550 与 LINCS Touchstone
- 测序 RNA 质量 RIN>7；历史版本 Touchstone 提供细胞系药物扰动特征。
测量指标与分析
- 疾病/表型差异表达
- 特征反向关联分数
- 候选药物与作用类别
STAR/DESeq2 分析并调整年龄和性别；B1 对照、B2 对照及共同基因集分别查询 LINCS，负相关特征提供候选方向。
研究设计与结果
方法可行性研究
- 研究设计
- 患者疾病特征与已有药物扰动数据的计算匹配，没有在本研究中对候选完成药效试验。
- 测试范围
- 采集 29 份回肠标本；RNA 表列 28 例。分泌组为另一个队列，不合并计入计算样本。
- 参照体系
- B1/B2/非 IBD 对照及 LINCS 药物特征。
- 研究结果
- 3 个差异表达查询集共有 14 个候选小分子，覆盖多个作用类别；为待实验验证的线索。
适用条件与研究局限
- 负相关分数不能当作实测疗效或临床预测准确率。
- 采集人数与测序表人数有差别，原段落未明确说明差别原因。
- LINCS 来源为其他细胞系，后续需要在对应疾病模型验证。
来源与原文
- Ileal Derived Organoids From Crohn’s Disease Patients Show Unique Transcriptomic and Secretomic Signatures原始研究 · Cellular and Molecular Gastroenterology and Hepatology · 2021-07-14