结直肠癌类器官生物样本库的 ATP 药筛与基因关联
用患者来源类器官进行浓度反应药筛，再将响应谱与基因改变对应。
用途与模型
- 研究用途
- 结直肠癌患者模型的药物筛选和分子特征关联探索。
- 模型与细胞来源
- 手术切除肿瘤与邻近正常上皮的三维类器官；肿瘤培养的 WNT 条件按具体模型分开。
- 方法版本
- 2015 年 BME/384 孔与独立重复药筛版本
- 实验形式
- BME 包被 384 孔、2% BME 悬液；5 点浓度系列、6 天暴露和 ATP 发光。
材料与平台
- 类器官与培养
- 患者结直肠癌/邻近正常组织、BME 与肠上皮培养条件。
- 自动药筛
- 药物库、液体处理机器人、CellTiter-Glo 与发光读板。
- 关联分析
- IC50、曲线斜率/AUC、基因改变和 MSI 状态，多变量方差分析。
测量指标与分析
- ATP 存活指标
- IC50/斜率/AUC
- Z 因子
- 重复响应相关性
- 基因—药物关联
分板技术重复并作阳/阴性质量检查；剔除测试范围外无 IC50 的药物，按 MSI 和基因状态探索关联。
研究设计与结果
药物集评价
- 研究设计
- 患者类器官 panel、独立复测药物与已知机制关联。
- 测试范围
- 19 个肿瘤类器官来自 18 位患者；完整分子/药物分析为 18 个模型。主文药库为 83 种，图题另写 85，完整口径仍需核对。
- 参照体系
- 阳/阴性孔、另板重复/复测、基因正常与改变模型及同靶点药物。
- 研究结果
- 119 块板的 Z 因子中位数 0.62；重复 AUC 相关系数大于 0.87。观察到 TP53/MDM2 及 RNF43/WNT 等预期药物关联。
适用条件与研究局限
- 药物数口径在主文/图题中不一致，复用 panel 前需核对原表。
- 关联分析是探索性并采用较宽 FDR；没有独立患者临床疗效预测。
- 体外生物样本库涵盖与药筛可用模型数量不同；技术重复不计作独立患者。
来源与原文
- Prospective derivation of a Living Organoid Biobank of colorectal cancer patients原始研究 · Cell · 2015-05-07